PORTO-
FREI

Redundância de Contigs NGS em Genomas Procariotos

Uma Nova Abordagem de Redundância de Contigs NGS na Finalização de Genomas

von Braga, Marcus / Silva, Artur / Ramos, Rommel   (Autor)

Esta tese apresenta um método computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem usa duas técnicas baseadas em Hashing, um Bloom Filter para eliminar contigs duplicados e um hash sensível à localidade (LSH) para remover contigs similares. Como um grande número de contigs é gerado por diferentes montadores, essas abordagens requerem recursos computacionais e humanos considerßveis. A redução de redundância facilita a anßlise posterior dos dados e reduz o tempo necessßrio para finalizar e curar montagens genômicas. A montagem híbrida do dataset GAGE-B (8 bactérias divididas em 12 conjuntos sequenciados em Illumina HiSeq e MiSeq) foi realizada com o montador SPAdes (De Bruijn Graph) e o montador Fermi (OLC). O pipeline foi aplicado aos contigs resultantes e o desempenho comparado com outras ferramentas semelhantes, como HS-BLASTN, Simplifier e CD-HIT. O aplicativo proposto pode gerar resultados complementares e ajuda a unir esses resultados, tornando a montagem mais precisa.

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Produktbeschreibung

Esta tese apresenta um método computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem usa duas técnicas baseadas em Hashing, um Bloom Filter para eliminar contigs duplicados e um hash sensível à localidade (LSH) para remover contigs similares. Como um grande número de contigs é gerado por diferentes montadores, essas abordagens requerem recursos computacionais e humanos considerßveis. A redução de redundância facilita a anßlise posterior dos dados e reduz o tempo necessßrio para finalizar e curar montagens genômicas. A montagem híbrida do dataset GAGE-B (8 bactérias divididas em 12 conjuntos sequenciados em Illumina HiSeq e MiSeq) foi realizada com o montador SPAdes (De Bruijn Graph) e o montador Fermi (OLC). O pipeline foi aplicado aos contigs resultantes e o desempenho comparado com outras ferramentas semelhantes, como HS-BLASTN, Simplifier e CD-HIT. O aplicativo proposto pode gerar resultados complementares e ajuda a unir esses resultados, tornando a montagem mais precisa. 

Autoreninfo

Doctorado en Genética y Biología Molecular - Bioinformßtica (ICB/UFPA). Master en Ingeniería Eléctrica - Informßtica Aplicada (ITEC/UFPA). Licenciado en Ciencias de la Computación (ICEN/UFPA). Profesor adjunto de la Universidad Federal Rural de la Amazonia - Campus de Paragominas/Pa. Líder del Grupo de Investigación de Computación Aplicada (CNPq/UFRA). 

Produktdetails

Medium: Buch
Format: Kartoniert
Seiten: 136
Sprache: Portugiesisch
Erschienen: Juni 2020
Maße: 220 x 150 mm
Gewicht: 221 g
ISBN-10: 6200808481
ISBN-13: 9786200808486

Bestell-Nr.: 29655870 
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KNOABBVERMERK: 2020. 136 S. 220 mm
Einband: Kartoniert
Sprache: Portugiesisch
Beilage(n): Paperback

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